Плоскоклеточный рак развивается обычно из слизистой оболочки анального канала. Макроскопически плоскоклеточный рак анального канала выглядит как рубцово-язвенное образование. Гистологически он представляет собой полиморфные скопления эпидермальных клеток с различной степенью анаплазии и глубокой инвазией за пределы базальной мембраны. В зависимости от наличия в опухоли «роговых жемчужин» из кератинизирующихся шиповатых клеток различают ороговевающие и неороговевающие раки. Отсутствие ороговения свидетельствует о большей дедифференцировке опухоли и в известной мере определяет ее более высокую степень злокачественности. Наименее зрелые плоскоклеточные неороговевающие раки, построенные из комплексов веретенообразных клеток, приходится дифференцировать при гистологическом исследовании с беспигментной меланомой, которая нередко встречается среди злокачественных опухолей анального канала. Раки прямой кишки дают ранний и выраженный инфильтрирующий рост в глубокие слои кишечной стенки: в подслизистую оболочку, в мышечный слой, в параректальную клетчатку, а также в смежные органы. Наблюдения показывают определенную зависимость между размером опухоли, макроскопическим и гистологическим ее строением и глубиной поражения. Так, сравнительно небольшие опухоли, диаметром до 2 см, более чем в половине случаев не прорастают кишечную стенку, а инфильтрируют лишь подслизистый или внутренний мышечный слой. Опухоли среднего размера, диаметром от 2 до 4 см, инфильтрируют все слои кишечной стенки и даже клетчатку более чем в половине всех наблюдений. И, наконец, раковые опухоли диаметром более 4 см в подавляющем большинстве случаев проникают за пределы стенки кишки. Таким образом, размер опухоли, определяемый уже при клиническом обследовании, может быть учтен как косвенный признак глубины поражения стенки кишки.